Zmena spoločnosti a pohľadu na školstvo po roku 1989 priniesla zmeny aj vo vzniku alternatívnych, okrem iného aj cirkevných škôl. Tie sa stali súčasťou kresťanského života.

Jednou z nich je aj naša škola - Základná škola Apoštola Pavla. Prvými iniciátormi  snahy  o vznik  cirkevnej  školy v Liptovskom  Mikuláši  boli  v roku 1991 manželia Hajzukovci - Ľudovít a Anna. Spoločne s vdp. Antonom Tyrolom, správcom farnosti a Janou Šimanskou, katechétkou, boli pri žiadosti o zriadenie ekumenickej cirkevnej školy. Títo sa obrátili s prosbou na biskupský úrad. Diecézny biskup Mons. František Tondra podporil myšlienku založenia ekumenickej školy. Do popredia  sa  vtedy  dostala  otázka  sídla  školy.  Na  základe   spoločného  rozhodnutia   s rodičmi sa neuvažovalo o konverzii štátnej školy, alebo jej časti, kvôli zachovaniu pokoja v meste, ale hľadali sa nové priestory. Do úvahy prichádzala niektorá materská škola, ktorá končila svoju činnosť.

Vedenie mesta privítalo iniciatívu založiť ekumenickú školu a evanjelický cirkevný zbor bol tiež tejto myšlienke naklonený. Medzitým vdp. Milan Devečka, evanjelický farár, ponúkol budovu, ktorá je majetkom miestneho evanjelického cirkevného zboru. Tento návrh bol prijatý s tým, že v budove budú umiestnené ročníky 1.- 4. a ďalšie ročníky budú od školského roku 1993/94 umiestnené v nových priestoroch, dovtedy rozostavanej MŠ v jej bezprostrednej blízkosti. Bola vykonaná úprava projektov tejto stavby na podmienky ZŠ. Začiatkom roku 1992 navrhol generálny biskup ECAV úpravu žiadosti, podľa ktorej mali vzniknúť dve oddelené školy. Tento návrh bol katolíckym BÚ v Spišskej Kapitule plne prijatý. Od roku 1992 sa začala písať história dvoch cirkevných škôl - Základnej školy Apoštola Pavla a Základnej evanjelickej školy.

V prvom   školskom   roku   1992/93   navštevovalo   školu   81   žiakov   ročníkov   1.- 4. V priebehu dvoch rokov MsÚ dostaval časť novej budovy, a tak sa sídlo školy presťahovalo do týchto priestorov. Vybudované boli učebne pre jednotlivé ročníky, zborovňa, riaditeľňa, cvičebňa, kotolňa i dva kabinety. Zároveň sa vybudovali pre každú triedu samostatné  šatne.  Školská  jedáleň  sa nachádzala  v budove  prvého  sídla a slúžila rovnako obidvom školám. Ekonomická, ale aj politická situácia zabrzdila výstavbu a nedovoľovala naplniť pôvodný zámer. Priestory  začali  byť  nedostačujúce pre obidve školy, najmä po vzniku 9. ročníka v základnej škole.

V januári 2002 navyše skončila zmluva o prenájme priestorov, patriacich evanjelickému zboru, preto si EZŠ našla nové priestory. Jej odchodom vznikla pre nás ťažká situácia, lebo sme stratili školskú jedáleň. Pomohla nám štátna škola a prijala našich žiakov aj učiteľov za svojich stravníkov. ZŠ Dr. A. Stodolu je od našej školy vzdialená asi 500 m.

Naša základná škola Apoštola Pavla nie je výnimočná počtom tried či žiakov, má však svoje osobitné čaro - buduje školský život na pevných základoch kresťanstva a žijeme ako rodina. Dnes už plnoorganizovaná, s deviatimi triedami, ponúka vzdelanie podľa platných učebných so zreteľom na budovanie kresťanských princípov.