Prvými iniciátormi snahy o vznik cirkevnej školy v Liptovskom Mikuláši boli v r.1991 manželia Ing. Anna Hajzukova a Ing. Ľudovít Hajzuk Spolu s Mgr. Janou Šimanskou a prof. ThBibl.Lic. ThDr. Antonom Tyrolom, PhD. boli pri žiadosti o zriadenie ekumenickej cirkevnej školy. Na základe dohody s rodičmi nežiadali o konverziu štátnej školy, ale hľadali nové priestory. Evanjelická cirkev ponúkla svoju budovu, bývalý sirotinec, vedľa ktorej bola rozostavaná MŠ, postavená v rámci komplexnej bytovej výstavby. Opravy budovy sirotinca vykonala ŠS v Lipt. Mikuláši. Na návrh generálneho biskupa Ev. cirkvi a. v. sa pôvodný zámer zriadiť ekumenickú školu zmenil a vznikli dve oddelené školy: ZŠ Apoštola Pavla a Evanjelická škola, história ktorých sa začala písať 1.9. 1992. Zriaďovateľom ZŠ Apoštola Pavla je Biskupský úrad v Spišskej Kapitule. V prvom školskom roku 1992/93 navštevovalo školu 81 žiakov ročníkov 1.- 4. Pedagogický kolektív tvorili: riaditeľka školy, 4 učiteľky ročníkov 1.-4. a 2 vychovávateľky ŠD. V priebehu dvoch rokov MsÚ dostaval časť novej budovy, a tak sa sídlo školy presťahovalo do týchto priestorov. Každoročne pribudol jeden ročník a úmerne tomu rástol počet žiakov aj pedagogických pracovníkov. Od šk. roku 1996/97 je škola plnoorganizovaná. V tomto školskom roku ju navštevuje 162 žiakov v ročníkoch 1.-9. Pedagogický kolektív tvorí 10 interných učiteliek, 2 externí vyučujúci, 2 vychovávateľky (z toho 1 je zároveň aj katechétkou). Učebné plány školy sa nelíšia od učebných plánov iných škôl. Boli uspôsobené na podmienky školy, to znamená, že žiaci majú o 1 hodinu náboženstva v rozvrhu viac, a pretože sa vyučuje podľa jazykového variantu, učia sa už žiaci 1.ročníka cudzí jazyk - 1 hodinu týždenne. V tomto školskom roku ( 2007//2008) škola postupuje podľa nového variantu učebných osnov, ktorý je v platnosti od 1. septembra 2007 a je určený pre školy s rozšíreným vyučovaním informatiky a cudzích jazykov. Informatika sa vyučuje od 3. ročníka. Zároveň boli počty vyučovacích hodín výchovných predmetov upravené podľa potrieb. Spočiatku sa vyučoval nemecký jazyk. Od škol. roku 1999/2000 sa z dôvodu vyššieho záujmu zaviedla výučba anglického jazyka, ktorý sa začal vyučovať ako povinný predmet pre žiakov 1. - 5. ročníka. Žiaci 6. -9. ročníka sa naďalej učili nemecký jazyk. Od šk. roku 2003/04 sa učia žiaci už iba anglický jazyk. V škol. roku 2005/2006 dofinancoval MsÚ aj dokončenie druhej časti školy, a tak sa konečne mohla rozbehnúť prevádzka školy podľa pôvodného zámeru. V súčasnosti školu tvoria 4 samostatné bloky, ktoré sa nachádzajú v jednom areáli.
V troch budovách sú umiestnené kmeňové triedy ročníkov 1. - 9., kabinety, miestnosť pre školský klub, školská kaplnka, knižnica a vo štvrtej sa nachádza zborovňa, riaditeľňa, kancelária ekonómky, odborné učebne IKT a prírodovedných predmetov a cvičebňa (malá telocvičňa). Pretože medzičasom došlo k zmene a Evanjelická ZŠ sa presťahovala na nové pôsobisko, školská jedáleň zanikla a žiaci školy sa stravovali v blízkej ZŠ A. Stodolu. Od 2. septembra 2009 však na škole začína prevádzku školská výdajňa jedál.
